Yaz et Ryan enquêtent sur Barton, qui les invite à sa fête d'anniversaire. Graham et le Docteur trouvent O dans l'arrière-pays australien. Les deux groupes rencontrent les Kasaavins, bien que le Docteur soit capable de capturer l'un d'eux, découvrant leurs intentions hostiles. Alors qu'il se faufile dans le quartier général de Barton avec Ryan, Yaz est capturé par un Kasaavin, et le Kasaavin capturé par le Docteur se libère en se remplaçant par Yaz. Rejoints par O, les quatre enquêtent sur Barton lors de sa fête. Après que le Docteur l'ait confronté, Barton tente de s'échapper, alors le Docteur et ses compagnons poursuivent à moto jusqu'au jet privé de Barton. Sautant à bord du jet, O révèle qu'il est en fait le Maître ayant contrôlé Barton et les Kasaavins tout ce temps. Une bombe explose et le Maître s'échappe tandis que le Docteur est capturé par l'un des Kasaavin, laissant ses compagnons dans l'avion qui s'écrase.

Le Docteur et Ada atterrissent accidentellement à Paris pendant la Seconde Guerre mondiale, mais sont secourus par Noor Inayat Khan. Le Maître traque le Docteur déguisé en nazi, bien qu'elle organise une rencontre entre eux. Le Maître prétend que Gallifrey a été détruit avant que le Docteur ne dévoile sa couverture et ne s'échappe avec Ada et Noor jusqu'au présent dans le TARDIS du Maître. Barton prend la parole lors d'une conférence, révélant que les Kasaavins réécriront l'ADN de l'humanité. Le Maître arrive et voit l'appareil s'activer, mais il échoue. Le Docteur expose les intentions du Maître aux Kasaavins, les incitant à l'emmener avec eux alors qu'ils sont forcés de retourner dans leur dimension. Le Docteur retourne sur Gallifrey détruite pour confirmer les dires du Maître et apprend grâce à un enregistrement de lui que leur vie était basée sur des mensonges.

Plusieurs invités et employés des installations sont tués avant que le Docteur ne rétablisse les champs de sécurité. Les survivants quittent le dôme pour sauver un autre survivant, mais les Dregs les conduisent dans un piège et ils se retirent dans un tunnel pour retourner à l'installation. L'une des invitées, Bella, révèle qu'elle a délibérément perturbé le domaine de la sécurité pour se venger de sa mère Kane, qui a construit Tranquility Spa et ignoré son enfance. Le Docteur découvre que la planète orpheline est en réalité la Terre après des années de changement climatique et de guerre, et que les Dregs sont des survivants humains mutés. Kane et Bella se sacrifient pour détruire l'installation et protéger les autres pendant que le Docteur les transporte en toute sécurité vers leurs planètes d'origine.

Le Docteur, Graham et Ryan visitent l'atelier d'Edison. La silhouette masquée arrive au laboratoire d'Edison et poursuit Edison. Le Docteur tente d'avertir Tesla et Yaz de retour dans son laboratoire, mais ils sont capturés et transportés vers un vaisseau extraterrestre invisible, appartenant à la reine du Skithra, un extraterrestre ressemblant à un scorpion, qui demande de l'aide pour le réparer. Le Docteur se transporte sur le vaisseau puis ramène Tesla et Yaz jusqu'au laboratoire de Tesla. La reine refuse de partir, menaçant de détruire la Terre si Tesla ne se rend pas. Tesla et le Docteur connectent le TARDIS pour aider à alimenter la tour de Wardenclyffe de Tesla, qui s'active, tirant des boulons électriques à travers le vaisseau, le forçant à quitter la Terre.

Un texte de Lee déclenche les souvenirs de Ruth, qui les mènent à un phare. Incapable de téléporter le Docteur, Jack donne aux compagnons un message du futur et est obligé de se téléporter, les ramenant à Gloucester. Ruth trouve une boîte d'alarme à l'extérieur, la brise et est engloutie par l'énergie. Le Docteur découvre un TARDIS enterré, que Ruth prétend être le sien, se présentant comme le Docteur. Dans le TARDIS de Ruth, le Docteur et Ruth découvrent qu'aucune d'elles ne se souvient l'une de l'autre. Ruth a déjà travaillé pour Gat et a caché son identité avec un caméléoniseur. Le TARDIS est amené à bord du navire Judoon. Ayant reçu l'ordre de ramener Ruth sur Gallifrey. Le Docteur montre à Gat une vision d'un Gallifrey détruit. Gat tire sur Ruth mais l'arme se retourne contre elle. Ruth ramène le Docteur à Gloucester mais le mystère des deux Docteurs reste inexpliqué.

Le Docteur détermine que la bactérie est attirée par les microplastiques. Suki révèle qu'elle appartient à une race extraterrestre dévastée par cette bactérie, qu'ils ont appelée Praxeus, et était venu sur Terre pour l'évaluer davantage en vue d'un remède. Alors que le Docteur trouve un remède pour les humains, en l'utilisant sur Adam volontaire pour le tester, cela ne peut pas empêcher Praxeus d'affecter Suki et la désintègre bientôt. En se rendant vers l'emplacement de Yaz, ils découvrent qu'ils se trouvent sous la zone d'ordures de l'océan Indien, où se trouve le navire de Suki. Ils chargent les réserves du navire avec l'antidote et mettent le navire à s'autodétruire dans l'atmosphère pour le disperser, mais Jake pilote volontairement le navire lorsque le pilote automatique tombe en panne. Le Docteur matérialise le TARDIS autour de Jake, le sauvant quelques instants avant l'explosion. Praxeus étant arrêté, le Docteur suggère à Jake, Adam, et Gabriela qu'ils parcourent le monde ensemble.

Le Docteur, toujours dans le TARDIS, reçoit un signal d'Alep du XIV^e siècle, où elle rencontre une jeune femme nommée Tahira, qui souffre de problèmes de santé mentale. À la suite de leurs étranges expériences, les compagnons contactent le Docteur, qui utilise les visions de Graham pour retrouver la source des cauchemars avec le TARDIS. Ils sont conduits vers un vaisseau du futur piloté par Zellin, qui prétend être immortel et tout-puissant. Après avoir mis les compagnons et Tahira hors de combat, Zellin utilise l'instinct du Docteur pour libérer la jeune fille emprisonnée, Rakaya, un autre être immortel comme lui, qui se nourrit de leurs rêves. Le Docteur ramène Zellin et Rakaya en prison en utilisant leur montre et leur peur contre eux.

Une figure spectrale apparaît et se révèle comme un Cyberman nommé Ashad à la recherche du Cyberium disparu, les connaissances recueillies des Cybermen. Le Docteur découvre Percy, découvrant qu'il avait trouvé le Cyberium plus tôt et qu'il en était devenu fou, le Cyberium créant des images hantées pour empêcher toute découverte. Bien qu'il soit au courant de l'avertissement précédent de Jack concernant le Cyberman solitaire, le Docteur extrait le Cyberium de Percy et, sous la menace, le donne à Ashad, qui retourne vers le futur.

Ils découvrent que Ko Sharmus est une personne agissant comme un passeur permettant à d'autres humains de s'échapper par un portail vers l'autre côté de l'univers pour plus de sécurité. À bord du vaisseau humain, ils traversent un champ de bataille avec des débris de Cybermen morts et montent à bord d'un Cyber-transporteur apparemment abandonné. Cependant, trop tard, ils découvrent qu'Ashad et un groupe de Cyberguerriers sont arrivés et ont depuis saisi le pont de contrôle et dirigé le vaisseau vers le Docteur, et réveillent les autres Cybermen en stase. Yaz contacte le Docteur au sujet de leur arrivée imminente, juste au moment où Ko Sharmus ouvre le portail. Le portail se révèle être le nouvel emplacement des ruines de Gallifrey, à la grande surprise du Docteur. Le Maître passe à travers et dit au Docteur qu'elle devrait avoir peur car tout est sur le point de changer pour toujours.

Après plusieurs années, Tecteun découvre finalement comment l'Enfant peut se régénérer, conduisant ainsi à la création des Seigneur du Temps. Pendant ce temps, le Maître contacte Ashad pour conduire les Cybermen sur Gallifrey mais se rend compte qu'il ne peut pas avoir le Cyberium si Ashad est vivant, le poussant à rétrécir Ashad et à absorber le Cyberium. Il utilise ensuite le Cyberium pour convertir les Seigneur du Temps morts en Cybermen, qu'il a surnommé les « CyberMaîtres ». Yaz et Graham retrouvent en toute sécurité Ryan et les autres, puis suivent les Cybermen jusque sur Gallifrey. Ruth aide le Docteur à échapper à la Matrice en lui transmettant ses anciens et nouveaux souvenirs. De retour dans la chambre, le Docteur prévoit de faire exploser la particule mortelle des restes d'Ashad pour arrêter le Maître, mais Ko Sharmus arrive et prend sa place comme pénitence afin que le Docteur puisse s'échapper, faisant exploser la particule dans ses derniers instants. Avant qu'il n'explose, le Maître a ordonné aux CyberMaîtres de le suivre ailleurs. Les compagnons reviennent sur Terre dans une maison déguisée en TARDIS et le Docteur retourne vers son propre TARDIS. Soudain, les Judoons apparaissent pour arrêter le Docteur et l'emmener dans une prison lointaine ailleurs dans l'espace.

Jo Patterson, qui devrait être élu Premier ministre, demande à Robertson d'augmenter la production de drones. Le scientifique Leo découvre des cellules organiques dans les restes de Dalek et clone les cellules en une créature qui s'échappe et prend le contrôle de Leo. Leo se rend à Osaka, au Japon, où les clones de Dalek sont cultivés. Le Docteur est emprisonné depuis plusieurs décennies et rencontre Jack Harkness qui la libère. Ils rejoignent ses compagnons. Jack et Yaz enquêtent sur l'établissement tandis que le Docteur, Graham et Ryan affrontent Robertson. Le Dalek révèle son projet de s'emparer de la Terre. En utilisant la lumière ultraviolette, les clones Dalek se transportent dans les drones de défense. Le Docteur envoie un signal à un escadron de la mort de Daleks, qui élimine les Daleks de reconnaissance. Roberston fait alliance avec les Daleks. Jack, Graham et Ryan équipent le vaisseau Dalek d'explosifs. Le Docteur trompe les Daleks dans l'autre TARDIS où il est prêt à être transporté dans le Vide pour être détruit. Ryan et Graham décident de rester sur Terre.