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Né le au Locle, Sébastien Jeanneret commence le football à l’âge de 7 ans au FC Le Locle[1]. À 15 ans, il intègre la première équipe du club loclois pour les entraînements, tout en jouant avec les équipes juniors[1]. Il doit attendre la saison 1990-1991 pour s’imposer réellement avec l’équipe fanion, devenant un titulaire régulier en première ligue[1]. Il rejoint alors le FC La Chaux-de-Fonds, qui évolue en Ligue nationale B, après avoir décliné une offre de Neuchâtel Xamax afin de pouvoir poursuivre son apprentissage d’horloger[1].
