Kattnigg entre au Parti nazi, le NSDAP, en 1938. Sa demande date du mais elle est antidatée à 1933. Il reçoit ainsi le numéro de membre 1 620 971. Depuis l'annexion de l'Autriche en 1938, il vit d'abord à Villach puis déménage à Vienne en 1939. Il est nommé chef d'orchestre de l'Opéra d'État de Vienne et de l'Orchestre symphonique de Vienne. En 1941, il écrit la musique pour le film Der Meineidbauer de Leopold Hainisch d'après l’œuvre de Ludwig Anzengruber. En 1942, il obtient un contrat du gouvernement pour la composition de l'opéra Miranda.
Ses compositions comprennent des opérettes, des ballets, des symphonies, des chansons, des œuvres orchestrales et chorales, ainsi que la musique de film. La caractéristique principale de ses compositions est l'instrumentation et le traitement des mélodies, des chansons et des airs populaires de son pays natal. Il est également l'auteur d'un arrangement de l’opérette de Carl ZellerDie Rose vom Wörthersee.
Les villes de Villach et Klagenfurt ont chacun une rue qui porte son nom.
