En 1987, après une dispute avec Mark Gruenwald sur des sagas à venir, il est renvoyé du titre Avengers. Il commence alors à travailler en indépendant pour DC Comics, principalement sur Superman et les séries associées comme Action Comics, notamment lors de la mort de Superman. Devenant un des piliers de la franchise Superman, il écrit même l'adaptation romanesque de la mort Superman, The Death and Life of Superman (Bantam Books, 1993, traduit par Lefrancq). On peut aussi le retrouver à cette époque sur Power of the Atom ou Starman. En 1994, il lance la troisième série consacrée à Supergirl et, deux ans plus tard, il travaille sur Legionnaires.
La suite de sa carrière
En 1996, Stern retourne chez Marvel pour écrire la mini-série Spider-Man : Hobgoblin Lives. Pendant les années suivantes, il scénarise l'éphémère série Marvel Universe, ainsi que des mini-séries comme Avengers Two, Avengers Infinity (2000, en hommage à feu Mark Gruenwald, dessinée par Sean Chen), et Spider-Man : Revenge of the Green Goblin. Il se rapproche également de Kurt Busiek, scénariste incontournable de Marvel à l'époque. Débordé, Busiek lui demande de l'aide sur plusieurs projets, tels que Iron Man ou la maxi-série Avengers Forever. En 2008, il est chargé par Busiek d'étoffer son intrigue pour Marvels 2 : L'œil de l'objectif (suite de la célèbre saga Marvels qui avait révélé Alex Ross). Cependant, depuis 2001, la plupart de ses scénarios de comics sont destinés à des éditeurs européens comme Egmont Books.
En plus de ses scénarios de comics, Stern a écrit quelques romans sur le même sujet : Smallville : Le gourou / Strange Visitors (Warner Books, 2002), et Superman: The Never-Ending Battle (Pocket Books, 2005).
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