Paine est né à Boston (Massachusetts) le , descendant d'un des premiers colons, Robert Treat. Il entre à la Boston Latin School, puis est diplômé du Harvard College (aujourd'hui Université Harvard) en 1749 où il étudie la théologie, matière dans laquelle il obtient également un diplôme. Il devient commerçant, voyage dans les colonies du Sud, en Espagne, dans les Açores ou en Angleterre. Il rentre finalement chez lui pour être admis au barreau du Massachusetts en 1757 ou 1759, pratiquant à Portland (faisant partie à l'époque du Massachusetts, mais aujourd'hui du Maine), et plus tard à Taunton (Massachusetts).
Il est l'orateur du Massachusetts à la Maison des Représentants en 1777, membre du Massachusetts Governor's Council en 1779, membre du comité ayant rédigé la constitution de 1780, Procureur Général du Massachusetts de 1777 à 1790, et enfin membre de la Cour Suprême de Justice du Massachusetts de 1790 à 1804 quand il se retire. Quand il meurt à l'âge de 83 ans le , il est enterré à la Granary Burying Ground de Boston.
