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Baker est devenu membre de l'Ancien Ordre des Hiberniens(en) (AOH) en 2008 et est devenu aumônier de l'État de l'AOH en Alabama. Il a écrit plusieurs livres.
En 1976, après son retour en Floride, Baker a été nommé directeur de la paroisse étudiante catholique de l'université de Floride à Gainesville[2] et nommé curé de la cathédrale-basilique de la paroisse Saint-Augustin à Saint-Augustin. Pendant ce temps, il a fondé le ministère St. Francis à Gainesville pour aider les personnes sans abri sorties des hôpitaux psychiatriques publics.
En 1977, Baker a obtenu un doctorat en théologie. Il a été nommé en 1981 comme instructeur de théologie sacramentelle au séminaire Saint-Vincent de Paul à Boynton Beach, en Floride. En 1984, Baker a été nommé curé de la paroisse cathédrale-basilique de Saint-Augustin et en 1997, il a été transféré à la paroisse Christ-Roi à Jacksonville.