Ses engagements syndicaux et républicains et son sens de l'organisation lui permettent de prendre une stature nationale. Dès 1939, avec Jouhaux, il appelle la CGT à dénoncer le pacte germano-soviétique (ce qui provoquera la deuxième scission de la confédération, puisque les dirigeants du Parti communiste français — PCF — s'y refusent et seront dès lors exclus de la CGT).
La Seconde Guerre mondiale
Mobilisé en , démobilisé en , il reste officiellement en fonction au secrétariat confédéral jusqu'à la dissolution de la CGT par le gouvernement de Vichy en [4]. Pendant l'Occupation, Bothereau dénonce la charte du Travail imposée par le maréchal Pétain en 1940. Il reconstitue dans la clandestinité une structure de la CGT dissoute par le régime de Vichy ; il crée un réseau de Résistance dans sa région d'origine de Beaugency (ce qui lui vaudra la Légion d'honneur et la médaille de la Résistance).
Avec l'entrée des communistes dans la Résistance en juin 1941, un rapprochement des deux tendances de la CGT est de nouveau possible : en avril 1943, Bothereau est à l'origine, avec Louis Saillant, des accords du Perreux[5] et crée le journal clandestin Résistance ouvrière qui se veut alors unitaire : « Nous pouvons avoir des divergences de doctrine, de méthode et d'idéal avec d'autres camarades. Nous respectons toutes les opinions. […] On ne créera pas l'Unité française sans l'Unité ouvrière. »
Cette proclamation se heurte pourtant rapidement à la réalité, au lendemain de la guerre, de jour en jour plus évidente, de la stratégie de noyautage de tous les rouages de l'appareil syndical par l'appareil du PCF.
Force ouvrière
En septembre 1944, Bothereau est membre du bureau confédéral de la CGT réunifiée mais, farouche défenseur de la charte d'Amiens et opposé à la mainmise du PCF sur la CGT qu'il avait contribué à réunifier, il rassemble les tendances non communistes en 1945 autour du journal Résistance ouvrière — qu'il rebaptise Force ouvrière — et, en 1946, dans le groupe des Amis de Force ouvrière.
Le , Bothereau quitte la CGT avec Jouhaux et trois autres membres du bureau, pour créer une confédération syndicale libre et indépendante, restaurant à la fois l’esprit de l’ancienne CGT et la tradition du syndicalisme indépendant. Au congrès constitutif de la CGT-FO, en avril 1948, il devient le premier secrétaire général de la nouvelle confédération. Du au , il est membre du Conseil économique et social.
En novembre 1963, il quitte volontairement son poste de secrétaire général de la confédération Force ouvrière, organise sa succession — André Bergeron lui succède — et prend soin de ne pas prendre parti dans la vie interne de la nouvelle direction de la confédération.
Bothereau est alors appelé à occuper plusieurs fonctions importantes : conseiller général de la Banque de France de 1963 à 1973, conseiller d'État en service extraordinaire de 1964 à 1967. À ce titre, il représente la France auprès de l'Organisation internationale du travail.
Au cours des années 1970, il se retire à Beaugency, jusqu'à sa mort à Orléans en 1985 à l'âge de 84 ans, un mois avant le décès de son épouse.
Robert Bothereau, Le Syndicalisme français, Presses universitaires de France, coll. Que sais-je, no 180, 1946
Robert Bothereau, Le Syndicalisme dans la tourmente (1940-45), CGT-FO Informations, 1973
La Naissance de Force ouvrière : autour de Robert Bothereau (sous la dir. de Michel Dreyfus, Gérard Gautron et Jean-Louis Robert), Presses universitaires de Rennes, 2003
Gérard Héau, Généalogie et histoire de la famille Bothereau, Donnery, 2011
