Le rio de Sant'Anzolo part du confluent du rio Menuò et rio Malatin en sens nord-ouest.
Il longe sur son flanc ouest le couvent de Santo Stefano, sous lequel passe le Rio del Santissimo di Santo Stefano et sur son flanc est le campo San Anzolo.
Au bout des deux, il passe sous le ponte dei Frati, reliant la calle éponyme au Campo San Anzolo.