En 1955 Benjamin Girardet, alors chef de cuisine du restaurant Central Bellevue, à Lausanne, et sa femme Georgette, reprennent le café de l’Hôtel-de-Ville à Crissier, le village natal de Benjamin. Leur volonté est alors d'y offrir une cuisine classique, destinée à mettre en valeur les spécialités locales. Ils sont rapidement rejoints par leur fils Frédy Girardet, alors apprenti cuisinier[2].
Lors du décès de Benjamin en 1965, son fils, sa femme et sa mère rachètent le bâtiment à la commune de Crissier. Leur ambition est alors de proposer une cuisine d’excellence. Cinq ans plus tard, le café communal est transformé en restaurant gastronomique[2].
Au sein du restaurant, Frédy Girardet obtient rapidement plusieurs récompenses professionnelles, telle que la Clé d'or Gault-Millau en 1975, trois étoiles au Michelin, la note de 19,5 au Gault-Millau, ou le titre de « Meilleur chef du monde » en 1986. En 1989, Frédy Girardet est consacré « Cuisinier du siècle » par Gault et Millau, aux côtés de Paul Bocuse et Joël Robuchon.
Le , Girardet remet le Restaurant de l'Hôtel de Ville à son chef de cuisine Philippe Rochat[2]. Le restaurant perd temporairement sa 3e étoile au Guide Michelin, qu'il retrouve 1997. En 1999, il reçoit le titre de « Cuisinier de l'année » décerné par le Gault&Millau suisse.
Au printemps 2012, Benoît Violier, chef de cuisine de Philippe Rochat depuis 1999, succède à ce dernier. En , le guide Gault et Millau (édition suisse) lui décerne le titre de « Cuisinier de l'année 2013[3],[4] ». L'Académie Internationale de la Gastronomie le distingue en conjointement avec ses prédécesseurs Frédy Girardet et Philippe Rochat en leur décernant un grand prix exceptionnel[5]. En 2016, La Liste lui décerne le titre de « Meilleur restaurant du monde »[6].
Après le décès de Benoît Violier en , Brigitte Violier, nouvelle directrice de l’établissement, conforte Franck Giovannini à son poste de chef de cuisine qu'il occupe depuis 2012[7],[8]. En , le Guide Michelin décerne 3 Étoiles au Restaurant de l’Hôtel de Ville[9] et le Gault & Millau la note de 19/20, pour l’année 2017[10], faisant de Franck Giovannini le quatrième chef triplement étoilé à Crissier. Le restaurant est à nouveau nommé restaurant suisse de l'année selon le Gault & Millau en 2018[11].
Durant l'été 2018, Franck Giovannini et son épouse Stéphanie succèdent à Brigitte Violier et prennent la direction de l'établissement. Les principaux actionnaires du restaurant, rejoint en 2017 par Franck Giovannini, reprennent les actions détenues par la famille Violier[12].