Son intérêt pour la botanique est d'abord d'ordre médical et c'est pour cette raison qu'il écrit un herbier. Il utilise les planches du travail de Leonhart Fuchs et y ajoute de nouvelles gravures. Une édition en flamand, sous le titre Crŭÿdeboeck, paraît en 1554 suivie d'une version en français, Histoire des plantes (la traduction est assurée par Charles de l'Écluse). En 1583, Dodoens publie Pemptades, une œuvre plus botanique que la précédente. Ses propres observations sont mêlées à celles de Charles de l'Écluse et Mathias de l'Obel, aussi il est difficile de savoir la part qu'il y prend.
Le genre Dodonaea (en français dodonée) qui rassemble des arbres et arbustes de la famille des Sapindaceae a été nommé par Philip Miller en hommage au médecin malinois.
(en) Willy Vande Walle et Kazuhiko Kasaya (dir.) (2001). Dodonaeus in Japan : translation and the scientific mind in the Tokugawa period, Leuven University Press (Louvain) : 383 p. (ISBN90-5867-179-8)
Bibliographie
Docteur G. Van Doorslaer, Aperçu historique sur la médecine & les médecins à Malines avant le XIXe siècle, geneeskundige krng Dodoens, uitgeverij Ars Graphica, Mechelen, 1988, seconde édition.