De 1994 à 1998, Khabirov est maître de conférences à la faculté de droit de l'université d'État bachkire. Il y exerce ensuite les fonctions de professeur adjoint et doyen adjoint jusqu'en 2002, avant d'en assurer la direction de 2002 à 2003.
De à , Khabirov est à la tête de l'administration présidentielle de la république de Bachkirie. Il est ensuite nommé directeur du Département des relations avec l'Assemblée fédérale de la fédération de Russie et les partis politiques. À partir de 2009, il est directeur adjoint du bureau présidentiel chargé de la politique intérieure.
À partir du , Khabirov dirige par intérim le raïon urbain de Krasnogorsk (oblast de Moscou), dont il est président du au .
En , Khabirov est nommé président par intérim de la république de Bachkirie[1]. Il est officiellement élu à cette fonction lors des élections de 2019, où il remporte 82 % des voix.
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