Après la brève incursion de 4 jours en 1892 d'un explorateur autrichien, le comte allemand Gustav Adolf von Götzen entre officiellement au Rwanda à la tête d'une troupe de 620 soldats en 1894. Le Rwanda est ainsi probablement le dernier pays découvert et colonisé en Afrique par les Européens.
En 1931, Yuhi Musinga, qui refuse de se faire baptiser, est obligé de partir en exil dans l'actuelle République démocratique du Congo. La Belgique confie le pouvoir à son fils le Mwami Mutara Rudahigwa, converti au catholicisme. La carte d'identité ethnique est instituée.
Les missions catholiques prennent de plus en plus d'importance dans le pays. Elles se chargent de l'éducation sur tout le territoire.
En 1956, Mutara Rudahigwa commence à revendiquer l'indépendance du pays auprès de l'ONU.
C'est également dans les années cinquante que la question de « l'ethnie », est devenue « raciale »[réf. nécessaire] (pour la genèse de cette idéologie voir Gobineau, Vacher de Lapouge) avec l'idéologie et la propagande politique diffusées par l'Église et les hommes politiques[réf. nécessaire].
Le , Mutara Rudahigwa meurt dans des conditions mystérieuses. Kigeli V Ndahindurwa est alors placé au pouvoir par les conseillers de Mutara Rudahigwa. Avec le soutien de l'Église, les Hutu refusent cette succession. Ils veulent être intégrés au nouveau gouvernement. Des manifestations dégénèrent en révoltes après l'assassinat d'un homme politique hutu. Les Tutsi étant minoritaires, ils sont pourchassés et massacrés, le pays plonge alors en pleine guerre civile.
En 1960, l'ancien gouvernement de Kigeli Ndahindurwa quitte le pays pour l'Ouganda, ainsi que plus de 200 000 Tutsi.
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