Dès sa création, le Quatuor travaille également avec le Quatuor LaSalle et le Quatuor Amadeus, qui aura sur lui une profonde influence sur leur affinité pour les classiques viennois, mais aussi sur leur style de jeu et sur le raffinement de leur sonorité[1]. En 1988, le groupe accède à la notoriété internationale grâce à son premier prix du concours de quatuor à cordes d'Évian. Dès 1993, le quatuor Ysaÿe fonde une classe consacrée à l'enseignement du quatuor à cordes dans le cadre du Conservatoire national supérieur de musique de Paris.
En 2014, il annonce que son concert du sera le dernier[5] et, en guise d'adieu, donne un programme marathon mêlant des œuvres de Debussy, Beethoven, Mozart, Fauré et Schönberg.
Le Quatuor a remporté des prix à plusieurs concours internationaux : Trapani (second prix), Portsmouth (second prix en 1988[3]) et Évian (premier prix en 1988[3]). Il a été remarqué pour ses enregistrements des quatuors de Debussy et Ravel et, avec le pianiste Pascal Rogé, des quintettes de Gabriel Fauré.
