Avec le Juan Aurich, Próspero Merino devient vice-champion du Pérou lors de la saison 1968. Il participe l'année suivante à la Copa Libertadores (la première du club) où il inscrit quatre buts en huit rencontres[2].
En 1970, il signe au Sporting Cristal et remporte le championnat du Pérou cette même année. Il dispute l'édition 1971 de la Copa Libertadores avec le Sporting Cristal (trois matchs sans marquer de but)[2].