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La base de l'immunité adaptative réside dans la capacité des cellules du système immunitaire de distinguer entre les propres cellules du corps et les agents pathogènes infectieux.
Les cellules de l'hôte expriment des antigènes « soi » qui permettent de les identifier comme telles. Ces antigènes sont différents de ceux des bactéries (antigènes « non-soi ») ou des cellules infectées viralement (« soi absent »). La capacité du système immunitaire adaptatif de détecter une infection des voies nécessite des voies spécialisées permettant de reconnaître les antigènes des agents pathogènes par les lymphocytes T.
