ProPublica est fondé en 2008. Steven Engelberg, ancien chef du service d’investigation du New York Times et Paul Steiger, ancien rédacteur en chef du Wall Street Journal constituent progressivement une équipe d’une trentaine de journalistes, venant des plus grands titres de presse du pays. En 2018, le site emploie cent vingt salariés[2].
En 2018, près de soixante publications anglo-saxonnes ont diffusé ses enquêtes[2].
Le site cumule la même année trente millions de dollars de dons, auprès de plus de 29 000 particuliers et de fondations philanthropiques[2].
ProPublica mène un journalisme de contre-pouvoir, s'attachant à l'impact concret des enquêtes publiées. En 2018, selon Le Monde, ProPublica a ainsi « contribué à faire démissionner plusieurs hommes puissants accusés de harcèlement, à faire libérer un homme injustement condamné dans le Nevada, à déclencher une enquête de Washington sur les publicités ciblées de Facebook utilisant des critères ethniques »[2].
En 2010, ProPublica devient le premier site Internet de nouvelles à gagner le Prix Pulitzer pour une enquête sur les conséquences de l'ouragan Katrina[3],[4],[5] publiée sur ProPublica.org et dans le New York Times Magazine[6],[7]. En 2019, ProPublica remporte son cinquième prix Pulitzer[2].