Pipéri mesure environ 4,2 km de long sur 1 km de large. Son altitude maximale est de 324 m. L'île la plus proche est Gioúra, à l'ouest. Pipéri est rattachée administrativement à la municipalité d'Alonnisos.
L'île est située dans un parc national marin qui compte des espèces rares[1]. Constituant une aire de reproduction du phoque moine, la zone autour de Pipéri est protégée par la convention de Barcelone[2], son approche est ainsi strictement interdite.