Diplômé en économie, il travaille à l'université de Gdańsk, où il passe son doctorat en 1978. Secrétaire du centre de l'intelligentsia catholique de Gdańsk, il est en 1981 expert au sein du Centre de recherche de Solidarność, dont il devient également porte-parole. Il est un des fondateurs de l'Union démocratique polonaise.
Nowina-Konopka s'implique dans les relations européennes et atlantiques. Il est cofondateur en 1991 de la branche polonaise de la Fondation Robert-Schuman et est un des principaux négociateurs de l'adhésion de la Pologne à l'Union européenne. Il est quelque temps vice-président de l'Euro Atlantic Society (1999-2003). Il a été vice-recteur pour le campus de Natolin du Collège d'Europe et président du think tank Notre Europe.