Berno quitte Lisbonne pour les Indes en et arrive la même année à Goa: le . Il est ordonné prêtre, sans doute, en 1580. Après quelque temps passé à étudier la langue konkani il est envoyé par le provincial, Alexandre Valignano comme curé à Colva, sur l’île de Salcete (dans la partie méridionale de Goa), une région fortement imprégnée d’hindouisme.
Il y œuvre depuis trois ans lorsque, en 1583, lors d’une révolte réprimée par les forces portugaises, il cherche à prouver la fausseté des idoles hindoues en participant à la destruction de sanctuaires qu’il estime païens. Il aurait tué également une vache, jetant son cadavre dans un puits sacré.
Quelques mois plus tard Berno se trouve à Cuncolim avec d’autres missionnairesjésuites, dont le supérieur local, Rodolphe Acquaviva, pour une rencontre en vue de rendre visite aux paroisses de l’île. Le , Pierre Berno, les autres prêtres et une dizaine de laïcs chrétiens sont assassinés par une foule en colère, en représailles des outrages commis contre leur religion.
