Phytoplasme

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Phyllodie sur Solidago
Jaunissement mortel du palmier.

Les phytoplasmes sont des bactéries infectant les plantes. Dépourvus de paroi cellulaire rigide, ils sont délimités par une double membrane et n'ont pas de forme spécifique (procaryotes pléiomorphes). Ils se multiplient exclusivement dans les tubes criblés du phloème de leurs hôtes[1].

Ils appartiennent à la classe des Mollicutes. À leur découverte ils ont été nommés MLO (sigle de Mycoplasma Like Organism) en raison de leur ressemblance (en microscopie électronique) avec les mycoplasmes.

Ils sont à l’origine de nombreuses maladies bactériennes des plantes telles que la phyllodie par exemple. Ils sont transmis par des insectes vecteurs, le plus souvent des cicadelles. La croissance se fait dans les glandes salivaires, le tractus intestinal, l'hémolymphe, intracellulairement. Le temps de latence avant la transmission varie de 10 à 45 jours suivant la température.

L'acquisition des phytoplasmes est rendue plus efficace par les larves. Les symptômes (phytoplasmes) peuvent être la jaunisse foliaire, le nanisme, la phyllodie, la virescence ou l'apparition de proliférations appelées « balai de sorcière ».

Exemple de la prolifération du pommier

La prolifération du pommier est une maladie anciennement connue mais discrète ces dernières années, qui connaît actuellement une certaine recrudescence. Elle est due à un phytoplasme transmis par au moins une espèce de psylle. Sa recrudescence est probablement liée à l'allègement des traitements insecticides polyvalents dans le cadre de la lutte intégrée, dans les vergers mais aussi leur environnement. Une fois la maladie identifiée (examen des symptômes et vérification au laboratoire), le seul moyen de lutte est l'arrachage des arbres.

Taxonomie

Les phytoplasmes appartiennent à l'ordre monophylétique des Acholeplasmatales[2]. En 1992, le sous-comité de taxinomie des Mollicutes du Comité International de Systématique des Procaryotes a proposé d'employer le nom de Phytoplasma au lieu du terme pseudo-mycoplasme ou MLO (mycoplasma-like organism) « en référence aux mollicutes phytopathogènes »[3]. Le nom générique Phytoplasma fut adopté en 2004. Il est actuellement sous le statut de Candidatus[4], qui est employé pour désigner les bactéries qui ne peuvent être cultivées. Sa taxinomie est compliquée car il ne peut pas être cultivé, donc les méthodes normalement utilisées pour la classification des procaryotes ne sont pas possibles[2].

La classification des phytoplasmes en groupes taxinomiques sont fondées sur des différences de taille des fragments produits par la digestion de restriction de la séquence du gène 16S ARNr (RFLP) ou par comparaison de séquences d'ADN des régions de l'espaceur 16s / 23s[5]. Des désaccords subsistent sur le nombre de groupes taxinomiques des phytoplasmes, des travaux récents faisant appel à la simulation par ordinateur des restrictions de digestion du gène 16S ARNr suggèrent qu'il pourrait y avoir jusqu'à 28 groupes[6], tandis que d'autres articlent plaident pour moins de groupes, mais plus de sous-groupes. Chaque groupe comprend au moins une espèce de Candidatus Phytoplasma caractérisée par des propriétés distinctives biologiques, phytopathologies et génétiques.

  • Liste des espèces de Ca. Phytoplasma, principaux groupes et sous-groupes publiés avec leurs noms communs et numéros d'accession GenBank de la séquence du gène 16S ARNr.
  • Nota : les espèces de Ca. Phytoplasma indiquées entre crochets sont provisoires (similarité des séquence du 16S ARNr inférieure à 97,5 %) et non encore publiées séparément comme espèces nouvelles.
    « Indéterminé » indique les espèces de Ca. Phytoplasma pour lesquelles le classement dans un groupe ou sous-groupe est en attente.
    « Non assigné » indique les espèces de Ca. Phytoplasma dont le statut est en attente (similarité des séquence du 16S ARNr supérieure à 97,5 %) car les symptômes présentés par la plante ou l'insecte hôtes sont significativement différents lorsqu'ils sont infectés par la souche du phytoplasme décrite comparée à une souche de la même espèce ou du même groupe.
N° Nom commun Espèce de Phytoplasma Groupe / sous-groupe Numéro d'accession Référence
1 Maladie d'Awka [Ca. P. cocosnigeriae] 16Sr XXII-A Y14175 Firraro, 2004
2 Tanzanian lethal disease [Ca. P. cocostanzaniae] indéterminé X80117 Firraro, 2004
3 Loofah witches' broom [Ca. P. luffae] 16Sr VIII-A AF086621 Firraro, 2004
4 Jaunisse létale du palmier [Ca. P. palmae] 16Sr IV-A U18747 Firraro, 2004
5 Maladie X [Ca. P. pruni] 16Sr III-A L04682 Firraro, 2004
6 Stolbur [Ca. P. solani] 16Sr XII-A AF248959 Firraro, 2004
7 Flavescence dorée [Ca. P. vitis] 16Sr V-C AF176319 Firraro, 2004
8 Papaya yellow crinkle Ca. P. aurantifolia 16Sr II-D Y10097 Davis et al., 1997
9 Allocasuarina yellows Ca. P. allocasuarinae indéterminé AY135523 Marcone et al., 2004
10 Flétrissement violacé de la pomme de terre Ca. P. americanum 16Sr XVIII DQ174122 Lee et al., 2006
11 Lime witches' broom Ca. P. aurantifolia 16Sr II-B U15442 Zriek et al., 1995
12 Jaunisse de la vigne Ca. P. australience 16Sr XII L76865 Davis et al., 1997
13 Balanites witches' broom Ca. P. balanitae 16Sr V AB689678 Win et al., 2012
14 Hibiscus witches' broom Ca. P. brasiliense 16Sr XV AF147708 Montano et al., 2001
15 Papaya bunchy top Ca. P. caricae 16Sr XVII AY725234 Arocha et al., 2005
16 Balai de sorcière du châtaignier Ca. P. castaneae 16Sr XIX AB054986 Jung et al., 2002
17 Jaunisse du liseron Ca. P. convolvuli 16Sr XII JN833705 Martini et al., 2012
18 Soybean stunt Ca. P. costaricanum 16Sr XXXI HQ225630 Lee et al., 2011
19 Feuilles blanches de la canne à sucre Ca. P. cynodontis 16Sr XI AB052874 Jung et al., 2003
20 Areca palm yellow leaf Ca. P. cynodontis 16Sr XI-A JN967909 Ramaswamy et al., 2012
21 Feuilles blanches de la canne à sucre Ca. P. cynodontis 16Sr XI-C X76432 Lee et al., 1998
22 Leafhopper bourne BVK Ca. P. cynodontis 16Sr XIV X76429 Semuller et al., 2004
23 Bermuda grass white leaf Ca. P. cynodontis 16Sr XIV AJ550985 Marcone et al., 2004
24 Cynodon white leaf Ca. P. cynodontis indéterminé AF509321 Blanche et al., 2003
25 Sorghum grassy shoot Ca. P. cynodontis indéterminé AF509324 Blanche et al., 2003
26 Sorghum grassy shoot Ca. P. cynodontis indéterminé AF509325 Blanche et al., 2003
27 Balai de sorcière du fraisier Ca. P. fragariae 16Sr XII-E DQ086423 Valiunas et al., 2006
28 Jaunisse du frêne Ca. P. fraxini 16Sr VII-A AF092209 Griffiths et al., 1999
29 Sugarcane Yellow Leaf Ca. P. graminis 16Sr XVI AY725228 Arocha et al., 2005
30 Hydrangea phyllody Ca. P. japonicum 16Sr XII-D AB010425 Sawayanagi et al., 1999
31 Parsley leaf of tomato Ca. P. lycopersici indéterminé EF199549 Arocha et al., 2007
32 Periwinkle phyllody Ca. P. malasianum 16Sr XXXII EU371934 Nejat et al., 2012
33 Prolifération du pommier Ca. P. mali 16Sr X-A AJ542541 Semuller et al., 2004
34 Cassia italica witches' broom Ca. P. omanense 16Sr XXIX EF666051 Saddy et al., 2008
35 Nanisme jaune du riz Ca. P. oryzae 16Sr XI-A D12581 Namba et al., 2009
36 Nanisme jaune du riz Ca. P. oryzae 16Sr XI-A AB052873 Jung et al., 2003
37 Almond lethal disease Ca. P. phoenicium 16Sr IX-D AF515636 Verdin et al., 2003
38 Pine shoot proliferation Ca. P. pini 16Sr XXI AJ632155 Schneider et al., 2005
39 Maladie X Ca. P. pruni 16Sr III-A JQ044393 Davis et al., 2012
40 European stone fruit Ca. P. prunorum 16Sr X-F AJ542544 Semuller et al., 2004
41 Dépérissement du poirier Ca. P. pyri 16Sr X-C AJ542543 Semuller et al., 2004
42 Buckthorn witches' broom Ca. P. rhamni 16Sr XX X76431 Marcone et al., 2004
43 Rubus stunt Ca. P. rubi 16Sr V AY197648 Maher et al., 2011
44 Bois noir Ca. P. solani 16Sr XII JQ730746 Quaglino et al., 2013
45 Spartium witches' broom Ca. P. spartii 16Sr X-D X92869 Marcone et al., 2004
46 Balai de sorcière de la passiflore Ca. P. sudamericanum 16Sr III-V GU292082 Davis et al., 2012
47 Balai de sorcière de la passiflore Ca. P. sudamericanum 16Sr VI GU292081 Davis et al., 2012
48 Salt cedar witches' broom Ca. P. tamaricis 16Sr XXX FJ432664 Zhao et al., 2009
49 Prolifération du trèfle Ca. P. trifolii 16Sr VI-A AY390261 Hiruki et al., 2004
50 Jaunisse de l'orme Ca. P. ulmi 16Sr V-A AY197655 Lee et al., 2004
51 Balai de sorcière du jujubier Ca. P. ziziphi 16Sr V-B AB052876 Jung et al., 2003
52 Jaunisse de l'aster Ca. P. asteris 16Sr I M30790 Lee et al., 2004
53 Virescence de la pervenche mexicaine non assigné 16Sr XIII-A AF248960 Wei et al. 2007
54 Bermuda grass white leaf non assigné 16Sr XIV AJ550984 Marcone et al., 2004
55 Jaunisse de la vigne (Grapevine yellow) non assigné 16Sr XXIII-A AY083605 Wei et al., 2007
56 Sorghum bunchy shoot non assigné 16Sr XXIV-A AF509322 Wei et al., 2007
57 Weeping tea witches' broom non assigné 16Sr XXV-A AF521672 Wei et al., 2007
58 Jaunisse de la canne à sucre non assigné 16Sr XXVI-A AJ539179 Wei et al., 2007
59 Jaunisse de la canne à sucre non assigné 16Sr XXVII-A AJ539180 Wei et al., 2007
60 Derbid phytoplasma non assigné 16Sr XXVIII-A AY744945 Wei et al., 2007
61 Chinaberry yellows non assigné indéterminé AF495882 Wei et al., 2007

Notes et références

  1. ↑ « Semaine 4 - Les phytoplasmes », sur www.jardiner-autrement.fr, (consulté le )
  2. ↑ a et b (en) IM Lee, RE Davis et DE Gundersen-Rindal, « Phytoplasma: Phytopathogenic Mollicutes », Annual Review of Microbiology, Annual Reviews, vol. 54,‎ , p. 221–255 (PMID 11018129, DOI 10.1146/annurev.micro.54.1.221, lire en ligne).
  3. ↑ (en) Subcommittee on the Taxonomy of Mollicutes, « Minutes of the Interim Meetings, 1er et 2 août 1992, Ames, Iowa », International journal of systematic bacteriology, vol. 43, no 2 (cf. minutes 10 et 25),‎ , p. 394-397 (lire en ligne).
  4. ↑ (en) The IRPCM Phytoplasma/Spiroplasma Working Team - Phytoplasma taxonomy group, « Candidatus Phytoplasma, a taxon for the wall-less, non-helical prokaryotes that colonize plant phloem and insects », International journal of systematic and evolutionary microbiology, vol. 54,‎ , p. 1243-1255 (lire en ligne).
  5. ↑ (en) J. Hodgetts, T. Ball, N. Boonham, R. Mumford et M. Dickinson, « Taxonomic groupings based on the analysis on the 16s/23s spacer regions which shows greater variation than the normally used 16Sr RNA gene results in classification similar to that derived from 16s rRNA data but with more detailed subdivisions », Plant Pathology, vol. 56,‎ , p. 357–365 (DOI 10.1111/j.1365-3059.2006.01561.x).
  6. ↑ (en) W. Wei, RE Davis, IM Lee et Y. Zhao, « Computer-simulated RFLP analysis of 16S rRNA genes: identification of ten new phytoplasma groups », International journal of systematic and evolutionary microbiology, vol. 57, no Pt 8,‎ , p. 1855–1867 (PMID 17684271, DOI 10.1099/ijs.0.65000-0).

Voir aussi

Articles connexes

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Vecteurs de maladies
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Phytoplasme