Phillip Kipyeko naît à Bukwo(en) dans la région Est dans une famille de huit enfants. Ses bonne performances en course à pied lui permettent d'intégrer le programme national de promotion en athlétisme[1],[2].
Le , il prend part aux championnats du monde de course en montagne à Casette di Massa. Il est le seul coureur ougandais au départ de l'épreuve junior, son compatriote Joshua Cheptegei ayant déclaré forfait au dernier moment. Phillip Kipyeko domine aisément la course et remporte le titre avec près de deux minutes d'avance sur son plus proche poursuivant[4].
En 2015, il se révèle sur la scène nationale du cross-country lors des championnats d'Ouganda de la spécialité à Jinja. Il parvient à tenir tête au grand favori Moses Kipsiro et bat ce dernier dans le sprint final pour remporter le titre[5].
Il réalise un bon début de saison 2016 dans la discipline du cross-country. Le il défend avec succès son titre de champion d'Ouganda alors que son rival désigné, Moses Kipsiro, connaît une contre-performance le faisant terminer sixième[6]. Une semaine plus tard, il s'impose sur le Gran Premio Cáceres de Campo a Través en battant de deux secondes l'Érythréen Goitom Kifle(en)[7]. Le , il réalise une excellente course lors des championnats d'Afrique de cross-country à Yaoundé. Il parvient à s'immiscer dans le groupe des Kényans favoris et s'empare de la médaille d'argent à une seconde derrière James Rungaru(it). Il double la mise au classement par équipes[8]. Il se concentre ensuite sur les Jeux olympiques de Rio de Janeiro[9]. Il décroche son ticket pour l'épreuve du 5 000 mètres mais est éliminé en séries[10].
Le , il rate de peu son troisième titre national en cross-country, battu au photo-finish par Thomas Ayeko[11]. Le , il prend part à l'épreuve du 5 000 mètres des Jeux du Commonwealth à Gold Coast. Il effectue un bon début de course groupé avec ses compatriotes Joshua Cheptegei Thomas Ayeko. Le Canadien Mohammed Ahmed lance ensuite son attaque pour la tête de course et Joshua Cheptegei ne se laisse pas faire et accélère pour s'offrir le titre. Phillip Kipyeko termine quant à lui sixième en 13 min 59 s 59[12].
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