En 1987, il est le premier hautboïste à remporter le Prix d'Europe (77e édition)[1]. Il occupe le poste de professeur de hautbois à l’Académie du Domaine Forget de 1988 à 2001 et enseigne à l’Université Laval de 1993 à 2000. En 1996 et 1997 il accède au poste de professeur des Conservatoires de Rimouski et de Québec, fonctions qu’il occupe encore à ce jour.
À la suite de sa rencontre avec Ku Ebbinge et Paul Dombrecht, il fonde avec quelques musiciens la Bande de hautbois de Québec, ensemble avec lequel il a effectué une tournée aux États-Unis, en France et au Canada. Au hautbois baroque, Philippe Magnan a joué avec la Cetra d’Orfeo (Belgique), l’Ensemble Masques, Les Idées heureuses, etc. Il s’est produit à l'occasion d'une tournée canadienne avec le Pacific Baroque Orchestra de Vancouver sous la direction de Marc Destrubé, lors notamment d'un concert donné au Glenn Gould Studio à Toronto suivi d’un enregistrement pour l’émission Opening Night de la CBC Television.
En tant que chambriste, il a joué au Festival international de musique de Lanaudière, aux Rencontres de musique ancienne du Château de Mateus (Portugal), au Festival international d'été de Québec, au Festival Vancouver, au Hornby Island Festival (Colombie-Britannique), au Vancouver Chamber Music Festival, au Festival International de musique de chambre de Sainte-Pétronille (Québec), au Festival Montréal Baroque, au Ottawa Chamber Music Festival et au Festival d'été du Domaine Forget. Il s’est produit avec des formations telles que le Borealis String Quartet de Vancouver, le Quatuor Claudel, ainsi que deux ensembles de République tchèque : le Quatuor à cordes Vlach Praga et le Trio à cordes Gideon.