Né à Bordeaux, Capdenat a pris durant sa jeunesse des cours de piano et a dirigé la Chorale des Jeunes de Bordeaux. De 1954 à 1958, il a étudié à l’École Nationale Supérieure des Mines de Saint-Étienne et a pris des leçons de piano et de composition au conservatoire. Après son service militaire en Algérie, il a travaillé de 1960 à 1967 comme ingénieur à Paris tout en étudiant, en parallèle, la composition avec Max Deutsch.
Dans le même temps, il a dirigé la Chorale Jéricho et l'Orchestre de Chambre Philippe Capdenat. En 1967 il a effecté une tournée au Danemark à la tête de l'orchestre radiophonique d'Odense. En 1968–69 il a collaboré avec Maurice Béjart à Bruxelles sur le balletJe fus cet enfant-là. De 1981 à 1991 il a enseigné à la Sorbonne, à l'Université de Lyon et à l'Université de Tours. Il a notamment eu comme élève, les compositeurs suivants : Malin Bång, Youri Bessieres, François-Eudes Chanfrault, Bernhard Elsner, Matthieu Ferrandez, Mansoor Hosseini, Seiko Kawasaki, Ludovic Laurent-Testoris, Olivier Penard, Olivier Pigott.