Formé au FC Bâle, Degen quitte le Borussia Dortmund pour l'Angleterre et le Liverpool FC en 2008[1]. Il rompt cependant son contrat le après un prêt au VfB Stuttgart. Après être resté sans club pendant 4 mois, il signe le un contrat de 3 ans et 6 mois avec son club formateur du FC Bâle.