1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour :
Le , Pepê rejoint l'équipe de Série A de Grêmio[4] et fait ses débuts dans la compétition le , remplaçant Everton lors d'une victoire 4–3 contre le Sport Recife[5]. Le , il marque son premier but pour le club lors d'une défaite 4–3 contre l'Atlético Mineiro[6].
Le , Pepê prolonge son contrat jusqu'en 2020 avec le club de Porto Alegre[7]. Le de la même année, il fait ses débuts en Copa Libertadores, commençant par une défaite 2-1 contre le club argentin Estudiantes[8].
Son club avait par ailleurs gagné la Copa Libertadores en 2017, Pepê ne participant à aucun match. Il joue en revanche plusieurs matchs lors des deux éditions suivantes, où Grêmio atteint les demi-finales les deux fois[9].
C'est d'ailleurs dans le demi-finale aller de l'édition 2019 que Pepê va se faire remarquer en marquant un but contre le Flamengo, attirant ainsi les regards de grands clubs européens, tels que le PSG, l’AS Roma ou le FC Porto[10],[11],[12].
En janvier 2021, c'est finalement le FC Porto qui trouve un accord avec Grêmio, pour transférer Pepê en échange de 15 millions d'euros avec un intéressement de 12,5 % dans l'éventualité d'un futur transfert. Il doit alors rejoindre le club de Porto pendant le mercato d'été 2021, pour un bail de cinq saisons[13],[14]. Il portera le numéro 11, numéro laissé vacant par Moussa Marega parti au Al-Hilal FC. Servi par Fábio Vieira, Pepê inscrit son premier but avec le maillot bleu et blanc portista devant son public du Estádio do Dragão face au Moreirense FC lors de la rencontre de la sixième journée du championnat portugais (5-0), le 19 septembre 2021.
Initialement non retenu par Dorival Júnior dans sa liste des 23 pour la Copa América 2024, Pepê figure, le 19 mai 2024, dans la liste finale brésilienne après que la CONMEBOL ait élargi les convocations à 26 joueurs[15].