Le , deux sociétés, Net et Silkar, créent une compagnie charter nommée Pegasus Airlines en partenariat avec la compagnie irlandaise Aer Lingus. Elle commence ses vols le avec deux Boeing 737-400. En 1993, la compagnie ajoute un troisième Boeing 737-400 à sa flotte et loue deux Airbus A320 pendant la saison estivale.
En 1994, Enternasyonal Turizm Yatirim acquiert 85 % du capital. Trois ans plus tard, Pegasus Airlines reçoit son premier Boeing 737-800, et en commande dix supplémentaires en crédit-bail auprès d'ILFC. Elle devient la première compagnie privée de Turquie en nombre de passagers transportés.
En , ESAS Holding prend le contrôle de Pegasus Airlines, et passe cette même année une commande de 12 Boeing 737 pour 800 millions de dollars.
En , Pegasus Airlines prend le contrôle d'Izair avec 20 % du capital. Elle devient première compagnie privée de Turquie en nombre de passagers transportés.
En , la maison mère de Pegasus Airlines, ESAS Holding, est devenue le plus grand actionnaire d'Air Berlin, la deuxième compagnie aérienne d'Allemagne et la cinquième d'Europe, en faisant l'acquisition de 16,48 % de son capital. Depuis , Pegasus et Air Berlin ont établi un accord de « partage de code » pour relier Berlin, Düsseldorf, Cologne et Munich, en Allemagne, à Istanbul, avec des correspondances vers Ankara et Izmir sous la bannière Air Berlin Turkey (vols opérés par Izair). Cette marque sera abandonnée le .
En , Pegasus Airlines acquiert 49% de la compagnie kirghize Air Manas.. Le , la compagnie opère son premier sol sous le nom Pegasus Asia .
Fin 2012, elle passe une commande de 100 appareils de la famille Airbus A320 NEO (dont 25 options) d’une valeur catalogue de 12 milliards de dollars, les livraisons étant prévues entre 2015 et 2022[2]. La société, deuxième compagnie aérienne du pays, devient le premier client de la version remotorisée de l'A320 en Turquie. C'est la deuxième commande la plus importante passée en Turquie après Turkish Airlines. Elle est également compagnie de lancement de l'A320neo avec le moteur CFM LEAP-1A. Cette commande marque un changement dans la flotte de la compagnie qui n'opérait jusque là que des Boeing 737-800.
Elle génère 45 millions d’euros de bénéfices en 2012 pour 13,6 millions de passagers transportés.
En 2013, la compagnie vend 34.5% de ses actions, l’argent récolté lui permettant de financer sa flotte.
En , la compagnie turque convertit 25 options de l'Airbus A321neo en commandes fermes[3] venant compléter les 18 autres attendus.
Le , un avion Boeing 737-800 (Vol 747 Pegasus Airlines) de la compagnie effectue une sortie de piste à l'aéroport international Sabiha-Gökçen à Istanbul, en raison d'une violente tempête, accompagnée de fortes pluies, qui touchait la ville depuis la veille. Si aucun mort ou blessé n'est à déplorer parmi les 164 passagers de la cabine, l'aéroport doit tout de même fermer deux heures en raison de l'incident[10].