Pedro Calles joue au basket dans des clubs amateurs tels que Maristas, Villanueva, Pozoblanco, Las Gabias et Baloncesto Córdoba. Sa première expérience professionnelle comme entraîneur se déroule au Baloncesto Córdoba en étant assistant de Manuel Jiménez. Il est ensuite assistant de Rafa Gomariz dans le club de Plasencia en LEB Plata (D3 espagnole). Une fois terminée ses études en Sciences de l'activité physique et du sport, il rejoint la Basketball Bundesliga en tant que préparateur physique des Artland Dragons de Quakenbrueck[1].
En 2012, il rejoint le club allemand de Vechta Rasta où il gagne année après année en protagonisme jusqu'à devenir l'entraîneur de l'équipe première à partir de , succédant à l'Américain Douglas Spradley[2].
Lors de la saison 2018-2019, Pedro Calles reçoit le prix d'entraîneur de l'année de la Bundesliga[3]. Après deux ans à la tête de l'équipe de Hambourg Towers, Calles devient le nouveau entraîneur d'un autre club allemand en 2022, EWE Baskets Oldenbourg[4].