La Pedja est le quatrième plus long cours d'eau d'Estonie et elle est un affluent de la rivière Emajõgi.
Elle prend sa source à Simuna sur le versant sud des Collines de Pandivere
La rivière coule sur 122 kilomètres à travers les comtés de Lääne-Viru, Jõgeva et Tartu avant de rejoindre la rivière Emajõgi au nord-est du lac Võrtsjärv[1].
Le bassin versant de la Pedja a une superficie de 2 688 km2.
Son plus grand affluent est la Põltsamaa jõgi.