Paul Müller-Zürich a composé de la musique de chambre, un concerto pour orgue (op. 26), des œuvres pour piano solo, une symphonie pour le violon, une symphonie pour alto, une symphonie pour deux violons, orchestre à cordes et clavecin ainsi que des œuvres pour différents événements nationaux, tels que l'Exposition nationale suisse de 1939. Membre du conseil de fondation de Pro Helvetia, il fut également président de l'association suisse des musiciens de 1960 à 1963.