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Myers naît le , cadet d'une famille de six enfants vivant à Kent dans l'État de Washington. Il est prénommé « Paul Zachary », d'après son grand-père, mais préfère les initiales PZ. Il considère avoir été un « geek » scientifique dès le plus jeune âge, avec un grand intérêt pour la zoologie et la biologie marine en étudiant l'intérieur des poissons lors de sortie à la pêche avec son père.
Il est élevé dans une famille luthérienne, mais avant sa confirmation, il commence à changer d'avis : « Je commençais à penser, vous savez, je ne crois pas un mot de tout cela. »[2]Athée, Myers commente largement sur son blog les sujets de science, éducation, athéisme et religion[3].
S'auto-définissant comme libéral sans Dieu et athée déclaré, il est sceptique envers toute forme de religion, superstition, spiritualité et pseudo-science. Il déclare n'avoir que mépris pour l'ID (Intelligent Design), considérant qu'elle est fondamentalement malhonnête.
