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De 1978 à 1983, Oskar Bätschmann est conservateur au Musée du Design de Zurich et, à partir de 1979, maître de conférences à l'Université de Zurich. Après avoir obtenu son habilitation en 1981, il occupe des postes d'enseignement à l'Université de Zurich ainsi qu'à l'Université de Berne. De 1984 à 1988, il est professeur d'histoire de l'art à l'Université Albert Ludwig de Fribourg-en-Brisgau, de 1988 à 1990 professeur d'histoire de l'art à l'Université Justus Liebig de Giessen puis de 1990 à 1991 Getty Scholar au Getty Center for the History of Art and the Humanities, Santa Monica. Il devient professeur ordinaire d'histoire de l'art moderne et contemporain à l'Université de Berne et co-directeur de l'Institut d'histoire de l'art. De 1992 à 2015, il est membre du comité directeur de l'Académie suisse des sciences humaines et sociales (SAGW). De 2001 à 2003, il est doyen de la Faculté des arts et des sciences humaines de l'Université de Berne. De 2004 à 2012, il est membre de la Commission nationale de recherche du Fonds national suisse de la recherche scientifique et jusqu'en 2015, membre de la Commission du Fonds national suisse pour les chaires de promotion. En 2008/2009 et en 2016, il enseigne à l'Université normale nationale de Taipei.
Depuis sa retraite, il est professeur associé et directeur du projet Catalogue raisonné des peintures de Ferdinand Hodler à l'Institut Schweizerischen Instituts für Kunstwissenschaft (SIK ISEA). En 2009-2010, il est Wittkower-Professor à la Bibliotheca Hertziana à Rome. Un "Wittkower-Professor" est un titre académique honorifique ou prestigieux attribué à un professeur dans le domaine de l'histoire de l'art, en référence au célèbre historien de l'art Rudolf Wittkower. Cette désignation est souvent associée à une chaire d'enseignement ou de recherche dans une institution renommée, et elle reconnaît généralement l'excellence et l'expertise du professeur dans ce domaine spécifique. Ensuite, en 2012-2013, il devient professeur au Center for Advanced Study in the Visual Arts (CASVA) à la National Gallery of Art de Washington, D.C. En 2010, Bätschmann a été élu membre titulaire de l'Academia Europaea. Depuis 2017, il est membre honoraire de l'Académie suisse des sciences humaines et sociales (SAGW).
