Des terroristes ont détourné un avion et menacent d'exécuter les otages si leurs demandes ne sont pas prises en compte. Le soldat vétéran Roy Adams, surnommé « Lone Wolf » (le “loup solitaire”) est chargé de réaliser la mission de sauvetage avec son coéquipier Hardy Jones.
L'histoire d'Operation Thunderbolt est vaguement inspiré des évènements réels connus sous le nom de “raid d'Entebbe” ou “Opération Tonnerre”, une opération militaire consécutive au détournement par des terroristes du FLP et de la RAF du vol Air France 139 en 1976.
Système de jeu
Le principe de jeu est identique à celui d'Operation Wolf en ce sens qu'il faut abattre un maximum d'ennemis tout en évitant de toucher les otages.
Techniquement, les scènes ne sont plus uniquement horizontales comme dans le premier épisode mais aussi verticales par l'effet d'une pseudo 3D.
« Operation Thunderbolt will be huge, no doubt about it. It takes all of the best elements of Operation Wolf, the brilliant graphics and toothgrinding action blasting, adds a two-player option, a brand new perspective and some really clever scenario ideas. Who couldn't it be huge ? »