La Nogat se sépare de la Vistule, près de Biała Góra (Weißenberg) et peu de temps après reçoit les eaux de la Liwa (Liebe). Ensuite, elle passe à Malbork (Marienburg) puis va vers le nord en direction de Elbląg (Elbing), sans toutefois l'atteindre. Seulement peu après cette ville, la rivière va au nord-ouest se jeter dans la partie sud-ouest de la lagune de la Vistule.
La rivière source Liwa
La Nogat n'a pas toujours été liée avec la Vistule, mais elle a toujours reçu les eaux de la Liwa (Liebe). Celle-ci naît dans la région de Prabuty (Riesenburg) et coule en premier, vers l'ouest et puis vers le sud près de Kwidzyn (Marienwerder), où elle a une forme de « U » avant de repartir vers le nord. Désormais, elle est parallèle à l'est de la Vistule et coule vers le nord, jusqu'à la Nogat à Biała Góra.
La Liwa est un affluent de 118,5 km pour un débit de 2,31 m3/s et un bassin collecteur de 990,8 km2.