1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour :
Issu des rangs de Ponte Preta, Natan rejoint le club de Flamengo à l'âge de 16 ans[1]. En 2020, il intègre l'équipe première et fait ses débuts professionnels le , titularisé en défense centrale à l'occasion d'un match de Série A contre Palmeiras, se terminant sur un nul 1-1[2]. Quatre jours plus tard, il est encore titularisé lors de la victoire 4-0 en Copa Libertadores contre l'Independiente del Valle[2].
Fort de ces premières titularisations, il prolonge le suivant son contrat avec les Carioca jusqu'en 2024, où est alors inscrite une clause libératoire de 70 millions d'euros[3].
Avec Flamengo, il est notamment champion du Brésil en 2020, où le club se voit sacré le , après avoir lutté avec l'Inter jusqu'à la dernière journée d'un championnat perturbé par la pandémie[4].
Le 7 août 2023, le SSC Napoli a déboursé dix millions d'euros pour le recruter et paraphe un contrat de 5 ans[5].
Le 15 août 2024, le Real Betis annonce son arrivée pour un prêt avec option d'achat jusqu'à la fin de la saison[6].