Au long de sa carrière politique, Khader a appartenu à quatre formations. Il s'engage d'abord dans le parti social-libéral Det Radikale Venstre de 1984 à 2007, date à laquelle il contribue à fonder un nouveau parti, la nouvelle Alliance (Ny Alliance), dont il devient chef. À la suite de conflits internes et de la transformation du parti en l'actuelle Alliance libérale, Khader rejoint le parti populaire conservateur en 2009.
Prises de position récentes
En , Naser Khader prend position sur le projet de loi prévoyant la ponction d'argent liquide et de bijoux sur les migrants demandant l'asile politique au Danemark, dont le patrimoine en argent liquide excéderait 400 €. Il affirme dans un premier temps que ce sont principalement les émigrants les mieux lotis qui ont les moyens de payer les passeurs et qu'il est inacceptable que les contribuables danois payent pour des demandeurs d'asile dotés d'un patrimoine[1]. Lorsque la polémique enfle, il tempère cependant sa position et annonce l'opposition de son parti à la confiscation des effets personnels des migrants, quelle qu'en soit la valeur [2]. Paradoxalement, le seuil de contribution étant remonté à 1840 euros[3], il vote tout comme son parti vote pour la loi[4].
