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Nargis Fakhri est née le dans le Queens, à New York, de Mohammed Fakhri, un ancien policier[1], et de Marie Fakhri. Son père est pakistanais et sa mère est tchèque[1]. Elle a une sœur cadette, Aliya. Les parents de Fakhri ont divorcé lorsqu'elle avait six ans, et son père est décédé quelques années plus tard[2]. En raison de son appartenance ethnique pakistano-tchèque et de sa nationalité américaine, Fakhri s'auto-décrit comme une « citoyenne du monde »[1],[2],[3].