Après l'établissement du gouvernement de Meiji et la création officielle de la Marine impériale japonaise, Nakamuta est devenu commandant (le ) puis commandant adjoint à l'Académie navale impériale du Japon. Il a été promu capitaine en 1871 puis contre-amiral la même année. Il est également devenu commandant de l'Académie navale en 1871. Il a été promu vice-amiral en 1878.
Nakamuta fut forcé de quitter le service actif et d'entrer dans la réserve en 1900 par ses rivaux politiques Yamamoto Gonnohyōe et Kabayama Sukenori, et s'est officiellement retiré en 1905. Il est mort en 1910. Sa tombe est au cimetière d'Aoyama à Tokyo.
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