Il est le deuxième fils de Kitsos Botzaris et le frère de Kóstas Bótsaris. Il appartient à une famille illustre du Souli, en Épire, les Botsaris (ou Botzaris), l'un des principaux clans souliotes. Son grand-père Giorgis s'est notamment illustré à la tête des Souliotes lors de différents combats.
Il quitte un peu avant 1800 le Souli pour s'installer à Vourgarelli, au pied des monts Tzoumerka près d'Arta, en tant qu'armatole au service d'Ali Pacha, gouverneur de l'Épire qui tente de se rendre indépendant de l'Empire ottoman. Après la conquête finale du Souli par Ali Pacha en , il se réfugie avec le reste du clan Botzaris au monastère de Seltsos. Il est avec son père et son oncle Notis un des survivants du siège de l'endroit par les troupes d'Ali, en . Il gagne alors finalement Corfou avec ces derniers, retrouvant une partie des autres réfugiés.
Comme la plupart de ses compatriotes, il s'engage dans le Régiment albanais qu'avait formé l'armée française qui occupait les îles ioniennes depuis 1807. Il se marie et a au moins trois enfants, Dimitrios (1814-1871), Katerina Rosa (1820–1872) et une autre fille. François Pouqueville, alors consul de France à Ioannina, acquiert à Corfou un dictionnaire albano-grec écrit de sa main sous la dictée de son père, de son oncle et de son beau-père[1], conservé à Paris.
Son père meurt en 1813, assassiné en Épire où il était retourné.
Il repasse sur le continent en 1820, avec son oncle et d'autres Souliotes, le commandant de l'armée ottomane en lutte contre Ali Pacha leur ayant proposé de leur rendre leur territoire en échange de leur allégeance ; cependant il passe avec ses compatriotes assez rapidement du côté d'Ali Pacha et à partir de , participe à la lutte contre les troupes ottomanes en coopération avec les troupes d'Ali, puis rejoint par les armatoles grecs insurgés à partir du printemps 1821. Il prend part à divers combats victorieux dans le sud de l'Épire au cours du printemps et de l'été 1821 ; il accepte alors de se réconcilier avec l'armatole Gogos Bakolas, considéré comme l'assassin de son père, ce qui renforçe sa réputation de patriotisme.
En , il commande des troupes pendant les combats autour d'Arta ; c'est la dernière opération conjointe des Grecs et des Albanais d'Ali, qui rejoignent ensuite le camp ottoman.
Il participe aux opérations de l'été 1822 destinées à secourir le Souli, aboutissant à la désastreuse bataille de Péta en juillet.
Lors du second siège de Missolonghi, durant l'été 1823, il tente d'arrêter une armée ottomane en route vers la ville, pendant sa traversée du Pinde, à Karpenísi. Il pénètre de nuit dans le camp ennemi avec 350 hommes seulement et fait un grand carnage, mais meurt d'une balle à la tête.
Lord Byron a dit de lui, après avoir brièvement correspondu avec lui lors de son arrivée en Grèce : « Sa réponse fut probablement la toute dernière qu'il eut à signer ou dicter — car il périt au combat le lendemain même du jour où elle est datée — avec une réputation de brave soldat — et d'homme de bien — deux qualités que l'on ne rencontre pas toujours réunies, ni même séparément. »[2]
Postérité
Son fils Dimitrios, éduqué en Bavière, obtient le grade de colonel et est plusieurs fois ministre de la Guerre. Sa fille Rosa est dame d'honneur de la reine Amalia et épouse un membre de la famille Caradja.
Markos Botzaris est l'un des rares chefs militaires grecs unanimement appréciés, n'ayant jamais été compromis dans les querelles partisanes qui aboutirent aux différentes guerres civiles grecques au cours de la guerre.
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