La mosquée est construite en 1860 sur un terrain concédé par l'Église grecque orthodoxe[1]. Elle est dédiée au calife Omar qui a conquis Jérusalem et s'est rendu à Bethléem en l'an 637. Selon la légende[2], à la demande du patriarche Sophrone de Jérusalem, le calife aurait fait sa prière dans la basilique à cette occasion, dans l'abside méridionale qui se trouvait précisément dans l'orientation de la Mecque. Selon la tradition, Omar aurait remis à Sophrone un acte, appelé « pacte d'Omar », aux termes duquel les musulmans ne devaient venir prier dans cet endroit qu'un par un, sans s'y réunir en groupe pour la prière et sans y faire le Adhan[3].
