Lors d'une réunion des responsables des mouvements juifs à Vilnius en Lituanie, il appelle ses camarades et les membres d'autres mouvements à prendre les armes pour combattre l'envahisseur nazi. En janvier 1940, il organise une structure secrète de propagande et de résistance anti-allemande.
Pendant que l'Aktion Reinhard vide le ghetto de Varsovie entre le et le , il se trouve à Zaglebie dans le sud-est de la Pologne. Il veut y préparer la jeunesse sioniste au combat. Durant cette période, il retourne brièvement à Varsovie où il participe à la création de l'Organisation juive de combat (ŻOB) qui réunit tous les partis juifs des sionistes aux antisionistes en passant par les bundistes[2]. Il en est élu commandant en chef en . En janvier 1943, il échappe de justesse à un accrochage avec les Allemands. C'est la première fois que ceux-ci se heurtent à la résistance de la ŻOB.
À partir du , il dirige l'insurrection pour lutter contre une nouvelle vague de déportations avec Marek Edelman et Paweł Frenkel. Le , face à la dureté de la répression, et sans possibilité de continuer la lutte, il se suicide dans son bunker du 18 de la rue Miła, avec l'état-major de la ŻOB dont sa compagne Mira Fuchrer. D'autres historiens pensent qu'il a été tué par les Allemands[2]. Marek Edelman lui succédera.
En Israël, le kibboutzYad Mordechai a été nommé ainsi en son honneur. À Varsovie, la rue Gęsia (une des artères de l'ancien ghetto) porte maintenant le nom de Mordechaj Anielewicz (le changement de nom date des années 1960). Le groupe local des Éclaireuses et éclaireurs israélites de France (ÉËIF) de Lyon porte son nom.
↑(en) Georges Bensoussan (dir.), Jean-Marc Dreyfus (dir.), Édouard Husson (dir.) et al., Dictionnaire de la Shoah, Paris, Larousse, coll. « À présent », , 638 p. (ISBN978-2-035-83781-3), p. 97