Le missionnaire Jérôme Lalemant, qui évangélisa les Hurons, établit des règles de fonctionnement pour l'institution religieuse. La première célébration de la fête du Nouveau Monde eut lieu dans le couvent le . Le registre de la Confrérie du Sacré-Cœur débute en 1716. Le pape Clément XI l'a enrichie d'indulgences en 1718.
Le couvent a subi le siège et le bombardement de Québec en 1690, et un second siège par James Wolfe en 1759. Le couvent des Ursulines, au cœur de la Haute-Ville, est endommagé par les bombardements la première nuit. Les sœurs doivent se réfugier à l'Hôpital général de Québec à St-Charles, à l'Ouest de la ville. Après la bataille du , au terme de laquelle la garnison de Québec se rendit à l'armée de Wolfe, le général français, Montcalm, tué pendant les combats, fut enterré la nuit dans la chapelle du couvent.
Le premier gouverneur anglais, Murray, a utilisé une partie du monastère comme quartier général. Les gouverneurs et les vice-rois, et anglais et français, furent toujours respectueux envers l'institution.
Vue en 1761.
Le monastère en 1879.
Le monastère en 1940.
De nos jours
Le couvent des Ursulines de Québec est reconnu comme patrimoine de l'Unesco. On y retrouve de nos jours la chapelle des Ursulines et le musée des Ursulines de Québec. L'école des Ursulines de Québec, toujours en activité, accueille aussi des garçons depuis 2010. Cette école possède un second campus à Loretteville.
Le , les Ursulines et les employés ont quitté progressivement le monastère. Les Ursulines se sont installées dans une résidence pour personnes âgées[1]. La Ville de Québec devait se pencher sur la nouvelle vocation du monastère. Elle n’exclut pas d’aménager le nouveau siège de l’Organisation des villes du patrimoine mondial à l’intérieur de ses murs[2].