La MOMEP a été créée le , en application des engagements du protocole de Rio de . Ce protocole est censé régler le conflit frontalier opposant l'Équateur et le Pérou, qui s'étaient alors engagés à trouver une solution à leur différend sous l'égide de quatre puissances américaines, Argentine, Brésil, Chili et États-Unis. Ce cadre spécifique explique que la MOMEP ne soit du ressort ni de l'ONU ni de l'OEA[1].
La MOMEP repose sur l'action de ces quatre garants du protocole qui, par application de l'article 5 du protocole[1], envoient respectivement au démarrage de la mission[2] :
Argentine : 10 observateurs militaires.
Brésil : 10 observateurs militaires, et le lieutenant-général commandant la mission.
Chili : 10 observateurs militaires.
États-Unis : 10 observateurs militaires et 72 soldats constituant la « US Task Force Safe Border » (sous la présidence de Bill Clinton[3]).
La mission consiste tout d'abord à séparer les belligérants, les 3 000 Équatoriens et les 2 000 Péruviens présents sur la zone de conflit, entre le et le ; la Task Force supervise le désarmement des combattants et préside les cérémonies de démobilisation dans la « zone de sécurité ». Des patrouilles aériennes surveillent la zone[2].
Puis, lors de la deuxième ( - ) et de la troisième période de la mission ( - ), la MOMEP concentre son action sur la consolidation de la paix, en intégrant progressivement les troupes des deux pays dans les missions d'observation[2].
Enfin, lors de la quatrième et dernière phase ( - ), la MOMEP prend également en charge la supervision des opérations de déminage de la région frontalière[2]. Cette dernière phase fait suite à la rédaction conjointe de la déclaration d'Itamaraty(es)[4], le .
La mission est financée par les deux belligérants, à raison de 15 000 US$ par jour[2].
Le contingent brésilien atteindra au maximum 191 militaires[5].
(es) Enrique Obando Arbulú, « Las operaciones de paz en la frontera peruano-ecuatoriana : La MOMEP y los esfuerzos de coordinación entre los garantes del protocolo de Río », Agenda Internacional, vol. 6, no 12, , p. 67-86 (lire en ligne).