Il démissionne de son poste d'entraîneur du Partizan, bien que le club soit leader du championnat. Le , il est officiellement nommé entraîneur de l'équipe de Serbie jusqu'en 2008, son remplaçant est Radomir Antić. Le , il est intronisé entraîneur principal du Royal Excelsior Mouscron, évoluant en Division 1 belge. Il démissionne en de son poste d’entraîneur.
Lors de la saison 2011-2012, il réussit à faire monter le Real Valladolid en Première division espagnole. La saison suivante, il maintient Valladolid en Première division.
En , il devient l'entraîneur de Valence CF à la place d'Ernesto Valverde. Il est remercié 6 mois plus tard pour manque de résultats.
Le , il est nommé nouveau technicien de Cordoue à la place d'Albert Ferrer[1]. Il est cependant démis de ses fonctions le , après 8 défaites de suite.
Anecdote
En 1993-1994, le Deportivo La Corogne peut devenir champion d'Espagne s'il bat le Valence CF pour le compte de la dernière journée de championnat. Durant cette rencontre âprement disputée, alors que le score est toujours de 0-0, le club galicien obtient un penalty à la fin du temps réglementaire, qui peut sceller le sort du match ainsi que celui de la course au titre. Bebeto, star incontestée du Deportivo et tireur habituel des pénaltys en l'absence de Donato, refuse de prendre cette responsabilité. Miroslav Đukić s'en charge à sa place, et le manque. Quelques minutes plus tard, le FC Barcelone est sacré champion d'Espagne à la différence de buts.
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