En 1999, il est l'un des acteurs qui qualifie pour la première fois la Slovénie à une compétition internationale, l'Euro 2000, contre l'Ukraine en barrages (2-1 ; 1-1). Convoqué pour disputer la Coupe du monde 2002, il inscrit un but lors du dernier match de poules face au Paraguay.
Transféré en 2002-2003 à Tottenham, il ne parvient pas à s'imposer chez les "Spurs".
C'est pourquoi il rejoint Lille lors du marché des transferts hivernal de la saison 2003-2004 pour aider le club lillois alors en difficulté sportive et proche de la zone des relégables. Il y réalise une très bonne fin de saison et contribue à la bonne période du club qui se qualifie pour la Ligue des champions. En , il quitte Lille pour Al-Ittihad après deux saisons et demie dans le nord de la France. De nombreux supporters lillois sont fort déçus de son départ. Lui qui a, par sa technique, éblouit à multiples reprises le public des dogues, notamment lors de la victoire historique (1-0) de ces derniers face à Manchester United en Ligue des champions durant lequel il inscrivit le but victorieux. Malheureusement une fracture de la jambe contre Sochaux en ne lui permet pas de rejouer avec le LOSC.
Après avoir passé seulement quatre mois en Arabie saoudite, Milenko signe un contrat de six mois avec l'Austria Vienne. Il annonce la fin de sa carrière sur son site internet en [2].
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