En 1986, il devient le chef de la Ligue des communistes de Slovénie. À l'époque les opinions libérales et démocratiques – ainsi que nationalistes et séparatistes – progressent en Slovénie. Kučan lance alors un mouvement de réforme démocratique de grande ampleur.[réf. nécessaire]
En 1989, la Slovénie adopte des amendements à sa Constitution affirmant la prééminence de sa souveraineté sur celle de la Fédération yougoslave et son droit à l'autodétermination.
Ces réformes constitutionnelles sont combattues sans grande force par le gouvernement serbe dirigé par Slobodan Milošević.
Le , Kučan dirige la délégation slovène qui quitte le congrès de la Ligue des communistes de Yougoslavie qui, peu après, se désintègre en tant que parti politique d'une Yougoslavie unie. Peu après, la Ligue des communistes de Slovénie change son nom en Parti de la réforme démocratique.
Sous la direction de Kučan, la Slovénie est la première des républiques yougoslaves à introduire le multipartisme et a organiser des élections libres en avril 1990. Kučan est élu président de la présidence collégiale de Slovénie le . Il poursuit une politique de transformation de la Yougoslavie en une confédération plus lâche, et conduit la Slovénie vers l'indépendance lorsqu'il apparaît que ce projet n'est plus réalisable. Le , à l'issue du référendum d'autodétermination, une majorité de 88,5 % des suffrages se prononce en faveur de l'indépendance.
L'indépendance est déclarée le et entraîne une courte guerre contre l'Armée fédérale yougoslave entre le et le suivant, à la suite de laquelle la Slovénie s'émancipe définitivement.
Après l'indépendance, Kučan est largement élu président de Slovénie le en obtenant 63,93 % des voix en tant que candidat indépendant avec le soutien de l'ancienne Ligue des communistes. Il est investi le . Il est réélu au premier tour le contre sept autres candidats avec 55,54 % des voix.
Sa présidence prend fin le quand Janez Drnovšek, élu le 1er décembre précédent, lui succède.
Autres activités
Alors qu'il est encore président, Kučan est l'un des membres fondateurs du Collegium international éthique, politique et scientifique, association qui souhaite apporter des réponses intelligentes et appropriées qu'attendent les peuples du monde face aux nouveaux défis de notre temps.
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