Le , le sénateur Lorenzo Zepeda lui transmet la présidence, ayant été élu pour la période constitutionnelle allant de 1858 à 1860.
En , Santín del Castillo fonde une académie militaire à San Salvador consacrée à l'enseignement tactique de l'artillerie, de l'infanterie et de la cavalerie.
Le , il se sent malade et transmet la président à Gerardo Barrios. Le , ce dernier lui rend son poste. Le , toutefois, il transmet la présidence au général Joaquín Eufrasio Guzmán.
