Ouvertement gay, Michael Tilson Thomas épouse son compagnon Joshua Robison en , après trente-huit ans de vie commune[1].
Répertoire en tant que chef
Tilson Thomas s'est fait le défenseur du répertoire symphonique américain, avec notamment une intégrale des symphonies de Charles Ives et le premier enregistrement de The Desert Music de Steve Reich. Ce dernier composera d'ailleurs selon la suggestion de Tilson Thomas la pièce The Four Sections et la lui dédicacera[2].
Il poursuit également une intégrale des symphonies de Gustav Mahler avec l'Orchestre symphonique de San Francisco qui édite lui-même les disques enregistrés. Depuis la mort de son mentor Leonard Bernstein, il est considéré comme le meilleur interprète de l'œuvre d'Aaron Copland.