Le Parti du centre étant renvoyé dans l'opposition quatre ans plus tard, il doit quitter l'exécutif, mais devient président de la commission des Finances. Après les élections législatives de , il est porté à la présidence du groupe parlementaire du Kesk, qui reste dans l'opposition.
Reconduit dans ses fonctions dans le gouvernement Vanhanen II le , il prend le titre de ministre des Affaires économiques le , à la suite de la fusion du ministère du Commerce et de l'Industrie et du ministère du Travail.
En , il décide de briguer la présidence du Parti du centre, après l'annonce par Vanhanen de son retrait. Le 10, il est battu au second tour de scrutin, avec 43 % des suffrages, par la ministre de l'Administration publique, Mari Kiviniemi. Il est cependant maintenu à son ministère dans le gouvernement qu'elle constitue le 22 juin.
Aux élections législatives d', le Kesk se classe en quatrième position et retrouve les bancs de l'opposition. Alors qu'il quitte le gouvernement le 22 juin, Mauri Pekkarinen est désigné président de la commission de l'Économie de la Diète nationale, où il a été réélu pour un neuvième mandat consécutif.
