Après s'être intéressée à l'écriture du jazz auprès de Louis Sclavis (Chinoiserie et Face nord en 1991), elle interroge le corps et les espaces liés à la notion de communauté. Elle s'engage dans des actions en Afrique et à Montpellier (auprès de personnes autistes), expériences qui lui ouvrent de nouvelles dimensions[2].
Après un séjour au Burkina Faso où elle travaille avec Salia Sanou et Seydou Boro[1], elle crée Pour Antigone (1993) avec des danseurs africains et occidentaux, tandis que L'Atelier en pièces (1996) s'attache au corps et l’enfermement notamment autour de l'autisme[2]. Développant les questions de société, elle prospecte le désordre intérieur jusqu’aux limites de la folie dans les pièces Déroutes (2003) ou Publique (2004).
Au Festival d'Avignon, Mathilde Monnier a présenté Pudique acide / Extasis en 1986, Ainsi de suite en 1992, L’Atelier en pièces en 1996, Les Lieux de là en 1999, Frère & Sœur et La Place du singe en 2005, et 2008 Vallée en 2008. En 2010 elle crée Pavlova 3'23" qui se structure autour de neuf propositions, masculines ou féminines, parlantes, dansantes, mobiles ou immobiles qui sont autant d'interprétations de La Mort du cygne. La musique originale de cette pièce a été commandée à Rodolphe Burger, Erikm, Heiner Goebbels, Olivier Renouf et Gilles Sivilotto.
Après plusieurs mois de rumeurs d'une possible arrivée à la tête du Centre national de la danse (CND) de Pantin et malgré sa reconduction en à celle du Centre chorégraphique national, elle est nommée le directrice du CND, succédant à Monique Barbaroux[4].
En 2014, elle est candidate aux élections municipales à Montpellier sur la liste « Union de la gauche » conduite par Jean-Pierre Moure[5].
En 2020, elle quitte le Centre national de la danse pour s'installer dans le tiers-lieu culturel montpelliérain La Halle Tropisme, dont elle devient artiste résidente[6].