Né à Eisenstadt, il grandit dans le village de Ginzling dans le Zillertal où il se forge une passion pour la montagne, notamment avec son cousin Richard[1].
Son passage en catégorie senior s'avère plus compliqué et il ne parvient pas à obtenir de bons résultats sur la scène internationale. Après une victoire à la course de montagne de Gamperney en 1994 et à la première édition de la course de montagne du Feuerkogel en 1996, il revient sur le devant de la scène en commençant sa série de victoire au Dolomitenmann en 1997[3]. Le , lors des championnats d'Europe de course en montagne à Câmara de Lobos, l'équipe autrichienne part en peloton groupé mené par Markus et occupant les places 6 à 9. Dans la montée finale, alors qu'Helmut Schmuck craque et perd de nombreuses places, Florian Heinzle accélère et passe devant Markus. Le trio restant termine alors toujours groupé sixième, septième et huitième et décroche la médaille d'argent au classement par équipes[4].
Le , il termine quatrième de la course de montagne du Hochkar remportée par le Polonais Andrzej Długosz. En tant que meilleur Autrichien, il remporte le titre de champion d'Autriche de course en montagne[5]. Le , il double la mise en terminant deuxième de la course de montagne de Retenegg également remportée par Andrzej Długosz[6].
Il délaisse ensuite la compétition et à partir de 2012, se met au trail. L'année suivante, il devient le premier athlète à effectuer la Berliner Hohenweg, un parcours de 95,4 km comprenant un dénivelé positif total de 13 320 m, en moins de 24 heures[1],[3].
Artiste peintre et restaurateur à Mayrhofen, il représente sa ville comme ambassadeur sportif[7] et s'investit dans la création d'événèments sportifs tels que la Harakiri-Run[8] ou le Mayrhofen Zillertal Ultraks[9].